Jeder Naturhonig enthält in geringen Mengen die Substanz Methylglyoxal, welche ein Zuckerabbauprodukt ist. Wie groß die enthaltene Menge im Honig ist, wird mit dem MGO-Wert angegeben. Je höher dieser Wert ist, desto mehr Methylglyoxal ist enthalten, was für eine bessere Qualität spricht. So enthält ein Honig mit einem MGO von 250, 250mg Methylglyoxal je Kilogramm. Dieser Inhaltsstoff ist das Besondere am Manuka Honig, denn nur bei dieser Honigart ist besonders viel davon enthalten. Während ein handelsüblicher Honig lediglich 20mg Methylglyoxal pro Kilogramm Honig beinhaltet, kann ein hochwertiger Manuka Honig bis zu 800mg pro Kilogramm aufweisen. Methylglyoxal wirkt antibakteriell und besitzt somit viele Anwendungsgebiete.
Jedoch wird nicht für jede Anwendung der größte MGO-Wert benötigt. Es hängt vor allem davon ab wie weit der Ort der Beschwerden von dem Ort des Auftragens entfernt ist. Kann der Honig direkt aufgetragen werden z.B. bei Herpes oder auf eine Wunde, genügt Honig mit MGO 100, während beispielsweise bei Darmbeschwerden mindestens ein MGO 400 zum Einsatz kommen sollte. Deshalb sollte sich vor dem Kauf informiert werden, welcher MGO für die Beschwerden erforderlich ist und empfohlen wird.
Damit man sicher sein kann, dass es sich um originalen Manuka Honig handelt sollte auf die Kennzeichnung MGO geachtet werden. MGO ist ein eingetragenes Warenzeichen der Manuka Health New Zealand Limited und garantiert dem Verbraucher, dass mindestens der MGO-Wert auf der Verpackung des Honigs enthalten ist und aus Neuseeland stammt. Alternativ wird häufig auch der UMF (Unique Manuka Factor) der Unique Manuka Factor Honey Association angegeben. Der UMF garantiert, ebenso wie der MGO, dass der Manuka Honig in Neuseeland abgefüllt wurde. Jedoch muss beim Kauf darauf geachtet werden, dass der UMF-Wert ist immer niedriger als der MGO-Wert ist. So entspricht beispielsweise ein MGO 440 einem UMF von 20 und ein MGO 100 einem UMF von 10. Ist der Honig weder mit einem MGO, noch mit einem UMF-Wert gekennzeichnet und wird trotzdem mit Manuka Honig beworben, kann es sein, dass dieser gar nicht oder nur in geringen Mengen enthalten ist. Dies liegt vor allem daran, dass Manuka Honig aufgrund seiner hochwertigen Qualität relativ teuer ist und dadurch für Betrüger und Fälscher besonders interessant ist.